Seine Romane schrieb Deschner 1956 und 1958, als er Anfang dreißig war. Beide sind deutlich autobiographisch geprägt. Vor allem sein literarisches Debüt Die Nacht steht um mein Haus wurde von der Kritik begeistert aufgenommen. Wolfgang Koeppen zeigte sich „außerordentlich beeindruckt“, Walter Muschg nannte das Buch „eine vehemente Sache“, Peter Rühmkorf sprach von einem „Buch aus Mut und Musikalität“. Auch heute noch wird diese „radikale Autobiographie“ (Michael Schmidt-Salomon) gewürdigt als „das Werk eines Genies ohne Welt“ (Süddeutsche Zeitung). Beide Bücher gelten nach wie vor als „Juwelen der unmittelbaren Nachkriegsliteratur“ (Nürnberger Nachrichten), worin sowohl der Literatur- als auch der Kirchenkritiker Karlheinz Deschner bereits deutlich vernehmbar ist. Wer seine Sachbücher schätzt, wird im literarischen Frühwerk ein erhellendes Pendant entdecken.